Quy trình kết nối gồm 4 bước cơ bản: Địa phương/ Doanh nghiệp gửi Công văn tới Trung tâm Mã số Mã vạch Quốc gia; Trung tâm tiếp nhận và cấp Client ID và Secret ID; Thực hiện kết nối kỹ thuật với Cổng thông tin truy xuất nguồn gốc sản phẩm, hàng hóa Quốc gia; Kết nối dữ liệu với Cổng thông tin truy xuất nguồn gốc sản phẩm, hàng hóa Quốc gia.